Vilniaus Salininkų gimnazija vykdo veiklą dviejuose pastatuose: Vaikų g. 16 ir Pupinės g. 11.
Pradinių klasių pastate, be pradinių klasių, veikia ir priešmokyklinio ugdymo grupės. Pastate adresu Pupinės g. 11 yra įrengtos dvi priešmokyklinio ugdymo grupių patalpos, kuriose yra rūbinėlės, bendros ugdymo(si) patalpos, miegamieji, virtuvėlės ir sanitariniai mazgai; yra vienuolika kabinetų, kuriuose mokosi pradinių klasių mokiniai, gimnastikos salė, biblioteka, valgykla. Pradinių klasių pastate yra įrengti pagalbos mokiniui specialistų – logopedo ir specialiojo pedagogo – kabinetai. Pradinių klasių pastato teritorijoje yra įrengtos dvi netradicinės mokymosi erdvės – lauko klasės (kupolai), kieme įrengtos dvi lauko žaidimo aikštelės, yra mokomasis šiltnamis.
Pagrindiniame gimnazijos pastate, adresu Vaikų g.16, yra įrengta dvidešimt mokymo kabinetų, biblioteka-skaitykla, sporto ir aktų salės, valgykla, laisvalaikio zonos. Dauguma mokomųjų kabinetų yra aprūpinti interaktyviomis lentomis ir kita organizacine technika. Yra įrengti psichologo, socialinio pedagogo, specialiojo pedagogo, karjeros konsultanto kabinetai. Gimnazijos teritorijoje veikia atnaujintas sporto aikštynas su stadionu, krepšinio, lauko teniso, tinklinio aikštelėmis.
