Vilniaus Salininkų gimnazijoje veikia šios savivaldos institucijos:
1. Gimnazijos taryba. Gimnazijos tarybą sudaro 22 nariai: 7 tėvų (kitų teisėtų mokinių atstovų) atstovai, 7 mokytojai, 7 mokiniai, 1 Vilniaus Naujininkų seniūnijos atstovas.
2023–2026 m. kadencijos Gimnazijos tarybai vadovauja Marina Ogarienė. Kontaktai – marina.ogariene@gmail.com
2. Mokytojų taryba. Mokytojų tarybą sudaro Gimnazijos direktorius, direktoriaus pavaduotojai ugdymui, visi Gimnazijoje dirbantys mokytojai, švietimo pagalbą teikiantys specialistai, bibliotekininkai, kiti tiesiogiai ugdymo procese dalyvaujantys asmenys
Mokytojų tarybai vadovauja Gimnazijos direktorė Jelizaveta Tumlovskaja. Kontaktai – jelizaveta.tumlovskaja@salininkugimnazija.lt
3. Mokinių taryba. Mokinių tarybą sudaro I–IV gimnazijos klasių mokiniai.
Mokinių tarybai vadovauja Damian Davcevič, mokinių tarybos veiklą koordinuoja mokytoja Irma Petkevičienė. Kontaktai – irma.petkeviciene@salininkugimnazija.lt
4. Klasių tėvų komitetai. Klasių tėvų komitetai renkami kiekvienoje klasėje, juos sudaro po 3 kiekvienos klasės tėvų atstovai.
Klasių tėvų komitetų veiklą koordinuoja klasių auklėtojai. Klasių auklėtojų veiklą koordinuoja klasių auklėtojų metodinės grupės pirmininkė Aušra Barkauskienė. Kontaktai – ausra.barkauskiene@salininkugimnazija.lt
